1972-ben egy idegen űrkaput fedeznek fel a Holdon, amin keresztül az emberek a Marsra tudnak eljutni. Itt pedig egy egykori idegen kultúra, az Aldnoah fennmaradt technológiájára bukkannak. A marsi telepesek ezt felhasználva egy szuperfejlett birodalmat hoznak létre Vers néven. Ez a fejlettség felsőbbrendűségi komplexushoz vezet az emberiség Földön maradt részével szemben, ami 1999-ben egy invázióban csúcsosodik ki. Ez az Aldnoah.Zero történetének háttere, ami egyébként 2014-ben játszódik, amikor is a Vers Birodalom hercegnője, Asseylum Vers Allusia, diplomáciai látogatást tesz a Földön, csak hogy egy merénylet célpontjává váljon. Ismét kirobban a háború a fejlett Vers és a kevésbé fejlett földi erők között, ami ezúttal beszippantja középiskolás főhősünket, Kaizuka Inaho-t és barátait is.