A történet ott folytatódik, ahol abbamaradt. Miután Illya nagy nehezen kiszabadította Miyut Gilgamesh karjaiból, Ruby és Sapphire egyesített erejével, látszólag minden visszatér a normál kerékvágásba. Azonban Rin és Luvia felfedezi, hogy a csata helyszínén valami történt, a kis csapat elindul kideríteni ennek okát, de nem várt vendégekkel találkoznak. A Miyu világából érkezett Ainsworth család eljött, hogy visszavegye a lányt, s és ezt meg is teszik.