Tíz év telt el azóta, amióta Fuyuki városában hatalmas erők gyűltek össze, hogy egymás közt harcolva szert tegyenek arra a tárgyra, amely már évszázadok óta hajtotta az embereket. A tárgyra, amelyet ha sikerül megszerezniük, bármi lehetségessé válhat, és amiért már oly sokan adták az életüket. Ám az utolsó érte vívott háború katasztrófával végződött, amelyben lángok nyelték el a várost az ott élőkkel együtt. Csak egyetlen túlélője maradt annak, ami történt. De eljött az idő. Közeleg az újabb háború kezdete, amelyben nem országok, hanem hét mágus fog résztvenni. Hét mágus, akik mitikus hősök erejére támaszkodva fognak küzdeni, hogy megszerezzék, amit elődeiknek nem sikerült. Ez a Szent Grál háborúja. Az előkészületek már megkezdődtek. Rejtélyes gázszivárgások indulnak meg sosem látott gyakorisággal, gyilkosság történik, ahonnan nyomtalanul eltűnt a tettes, pedig a harc még el sem kezdődött...Emiya Shirou azonban még nem sejti, milyen események vannak készülőben. Egy kedves barátja, Sakura hangjára ébred egy műhelyfélében, majd következik a reggeli szokásos rituáléja Sakurá-val és Fujimura sensei-el együtt. Később sem történik semmi rendkívüli egészen estig, amikor viszont a naplemente után felbukkanó alakok már sejtetik, mit tartogatnak majd az éjszakák. Másnap éjjel ugyanis Shirou véletlenül meglátja, amint két döbbenetesen gyors alak küzd egymással nem messze a suli íjász klubjának épületétől. Azonban ők is észreveszik, hogy ott van, és egyikük gyorsan el is kapja az iskolaépületben. Bár akkor még kéznél van a segítség, az illető akkor is utánamegy, amikor hazaér, eltökélten, hogy ezúttal nem végez félmunkát. Ám amikor egy lándzsát szegeznek az arcának, egy fiatal, páncélba öltözött lány jelenik meg mögötte, aki megmenti az életét. Lassan kezd rájönni, hogy nem akármilyen dolgok zajlanak a csillagos ég alatt.Miután a támadó visszavonul, Shirou-nak újabb váratlan találkozásban van része. Tohsaka Rin és a társa is a közelben volt, miután rájött, hogy a srác élete még mindig veszélyben van, és segíteni akar neki, de már csak a romeltakarításban tud, amit a házon kell elvégezni. Amikor azonban megtudja, hogy mennyire nem ismeri a helyzetet, úgy dönt, tovább segít neki, és elkíséri egy közeli templomhoz, ahol Shirou végül megtudja, hogy mi is történik körülötte. Bár először ellene van, mégis úgy dönt, hogy beszáll a Grálért megindult versenyfutásba. A harc azonban korántsem olyan egyszerű, mint ahogy azt elképzeli. A résztvevők között olyan erők csapnak össze, amelyekről nem is tudta, hogy léteznek, és olyan titkok is rejlenek a felszín alatt, amelyek jócskán megváltoztathatják a dolgokat. Ez egy háború tele csapdákkal és váratlan fejleményekkel, amelyek mindig fordítanak az eseményeken. A küzdelem pedig megy tovább, és nem tudni, ki lesz a győztes.