Haruka és korábban megismert csapattársai, Makoto, Nagisa és Rei is visszatér az Iwatobi úszócsapat tagjaként, továbbra is Matsuka Gou vezetésével, míg Gou testvére, Rin számára egészen új fejezet indul, Mikoshiba távozásával ugyanis a másik úszóklub irányítójának nevezik meg. Az évad új, az alapvető szituáció mégis hasonló, újabb versenyek következnek mindkét csapat számára... Ez azonban már nem egy szokványos év, ugyanis többségük számára az utolsó tanév kezdődik, ami egy új problémát vet fel: a továbbtanulást. Már nem csupán egy versenyen szerzett győzelem a tét, a jövőt is maguknak kell kialakítani főképp eredményeikkel. Mi legyen később, hova menjenek, ilyen problémákat kell észben tartson történetünk legtöbb szereplője, s az emiatt kialakuló nyomást is kezelniük kell. Ezen forgatókönyv alapján figyelhetjük, hogyan alakul a srácok sorsa, s eközben új karakterekkel is megismerkedhetünk, köztük van Mikoshiba öccse, Momotaru, illetve Yamazaki Sousuke, aki azelőtt volt Rin osztálytársa, hogy Rin átment volna abba az iskolába, ahol megismerte Harut és a többieket. Mindkettejük a Rin által vezetett csapatban jelenik meg a történet során. Mellettük pedig visszatér Amakata Miho, az a tanárnő, aki már az első évad során is felelt az Iwatobi úszócsapatáért, illetve nagyobb szerephez jut Nitori is, akit korábban Rin úszócsapatában láthattunk, és akkor Sasabe edzőt még nem is említettük.