10 évvel járunk a Fate/Stay Night eseményei előtt... a 4. Szent Grál Háború lassan kezdetét veszi Fuyuki városában. A Grál hét Mágust választott ki, kik hét Hősi Lelket idézhetnek meg. A feladatuk megszerezni a Szent Grált a többi Hősi Lélek és Mestereik likvidálásával, hogy a Grál teljesíthesse egyetlen vágyukat, kívánságukat. Eddig három háború zárult le eredménytelenül... s most ideje, hogy újra a fegyvereké legyen a szó...Ott folytatjuk, ahol az első szezon abbamaradt: a Mion-folyói ütközetnél, amikor Saber, Rider és Lancer harcol Caster ellen. Mindeközben Tokiomi és Kariya valamint szolgáik, Archer és Berserker is egymásnak feszül. Azonban a csatát komoly, kiépített stratégia nélkül nem nyerhetik meg...