A Sword Art Online széria első része után valamivel egy évvel játszódik az újabb évad. A világmag köztudatba kerülése után rengeteg VRMMORPG jelent meg, köztük a történetünk szempontjából fontos Gun Gale Online (GGO) is, mely az eddig megismert virtuális világokkal ellentétben sem a kardokra, sem a varázslatra nem koncentrál annyira, cserébe azonban bőven kapunk puskákat, pisztolyokat és hasonló lőfegyvereket.

Már rögtön az első részben megismerkedünk főgonoszunkkal és annak félelmetes képességével. A "Death Gun" néven futó játékos ugyanis képes arra, hogy ha valakit lelő a játékban, akkor az a személy a való életben is elhalálozik. Ekkor lép a képbe Kirito, akit a Belügyminisztérium virtuális részlegének vezetője egy kéréssel látogat meg az első halálesetek után. Mégpedig azzal, hogy Kirito is jelentkezzen be a GGO-ba, és kutassa fel Death Gun kilétét, amit vonakodva ugyan, de végül elfogad.